在进行万方本科查重时，如果遇到特殊格式处理的情况，可以考虑将文档转换为常见格式，如PDF、Word等，以确保查重系统能够正常识别内容。另外，也可以尝试调整文档的排版结构，避免过多的特殊符号或排版方式，以提高查重的准确性。

此外，针对万方本科查重中常见的特殊格式，还可以尝试使用专业的查重软件进行处理，这些软件通常具有针对不同格式的查重算法和处理功能，能够更有效地应对特殊格式带来的挑战。同时，也可以参考万方本科查重平台提供的相关指南或帮助文档，了解针对特殊格式的处理建议和技巧。